TY  - CONF
AU  - Simonović, Ana
AU  - Filipović, Biljana
AU  - Banjanac, Tijana
AU  - Kojić, Milan
AU  - Ćuković, Katarina
AU  - Subotić, Angelina
PY  - 2022
UR  - https://imagine.imgge.bg.ac.rs/handle/123456789/1743
AB  - Biljka kičica (Centaurium erythraea) je interesantna ne samo zbog svojih
lekovitih svojstava, već i zbog izuzetne razvojne plastičnosti i regenerative
sposobnosti u in vitro kulturi. Kako bi identifikovali gene uključene u
morfogenetske procese, sekundarni metabolizam i odgovore na stres, pored
sekvenciranih transkriptoma1 je potreban i sekvenciran genom. Za sekvenciranje
genoma najmodernijom PacBio tehnologijom, neophodna je veoma čista
visokomolekularna DNK, čijih 90% čine lanci > 20 kb. DNK je izolovana iz
mladih listova diploidnog varijeteta kičice gajene in vitro, korišćenjem četiri
različita protokola: (1) Quick-DNA HMW MagBead Kit (Zymo Research, #D6060);
(2) modifikovani CTAB protokol;2 (3) protokol za izolaciju bakterijske DNK
prilagođen biljnim tkivima i (4) izmenjen protokol za izolaciju RNK iz bora.3
Kvalitet DNK izolata je proveravan spektrofotometrijski Nano Drop aparatom,
običnom elektroforezom, pulsnom elektroforezom i Femto Pulsnom analizom.
Protokol (1) daje veoma niske prinose, bilo kad se koristi samostalno ili kao
vid prečišćavanja DNK izolovane na drugi način. Protokolom (3) se dobija visok
prinos DNK nezadovoljavajućeg kvaliteta. Najkvalitetniju DNK u količinama
dovoljnim za sekvenciranje su dali protokoli (2) i (4).
AB  - Биљка кичица (Centaurium erythraea) је интересантна не само због својих
лековитих својстава, већ и због изузетне развојне пластичности и регенеративе
способности у in vitro култури. Како би идентификовали гене укључене у
морфогенетске процесе, секундарни метаболизам и одговоре на стрес, поред
секвенцираних транскриптома1 је потребан и секвенциран геном. За секвенцирање
генома најмодернијом PacBio технологијом, неопходна је веома чиста
високомолекуларна ДНК, чијих 90% чине ланци > 20 kb. ДНК је изолована из
младих листова диплоидног варијетета кичице гајене in vitro, коришћењем четири
различита протокола: (1) Quick-DNA HMW MagBead Kit (Zymo Research, #D6060);
(2) модификовани ЦТАБ протокол;2 (3) протокол за изолацију бактеријске ДНК
прилагођен биљним ткивима и (4) измењен протокол за изолацију РНК из бора.3
Квалитет ДНК изолата је провераван спектрофотометријски Nano Drop апаратом,
обичном електрофорезом, пулсном електрофорезом и Фемто Пулсном анализом.
Протокол (1) даје веома ниске приносе, било кад се користи самостално или као
вид пречишћавања ДНК изоловане на други начин. Протоколом (3) се добија висок
принос ДНК незадовољавајућег квалитета. Најквалитетнију ДНК у количинама
довољним за секвенцирање су дали протоколи (2) и (4).
PB  - Beograd : Srpsko biološko društvo
C3  - Treći kongres biologa Srbije
T1  - Usavršavanje protokola za izolaciju DNK visoke molekularne mase iz kičice (Centaurium erythraea)
T1  - Усавршавање протокола за изолацију ДНК високе молекуларне масе из кичице (Centaurium erythraea)
EP  - 295
UR  - https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_imagine_1743
ER  - 

@conference{
author = "Simonović, Ana and Filipović, Biljana and Banjanac, Tijana and Kojić, Milan and Ćuković, Katarina and Subotić, Angelina",
year = "2022",
abstract = "Biljka kičica (Centaurium erythraea) je interesantna ne samo zbog svojih
lekovitih svojstava, već i zbog izuzetne razvojne plastičnosti i regenerative
sposobnosti u in vitro kulturi. Kako bi identifikovali gene uključene u
morfogenetske procese, sekundarni metabolizam i odgovore na stres, pored
sekvenciranih transkriptoma1 je potreban i sekvenciran genom. Za sekvenciranje
genoma najmodernijom PacBio tehnologijom, neophodna je veoma čista
visokomolekularna DNK, čijih 90% čine lanci > 20 kb. DNK je izolovana iz
mladih listova diploidnog varijeteta kičice gajene in vitro, korišćenjem četiri
različita protokola: (1) Quick-DNA HMW MagBead Kit (Zymo Research, #D6060);
(2) modifikovani CTAB protokol;2 (3) protokol za izolaciju bakterijske DNK
prilagođen biljnim tkivima i (4) izmenjen protokol za izolaciju RNK iz bora.3
Kvalitet DNK izolata je proveravan spektrofotometrijski Nano Drop aparatom,
običnom elektroforezom, pulsnom elektroforezom i Femto Pulsnom analizom.
Protokol (1) daje veoma niske prinose, bilo kad se koristi samostalno ili kao
vid prečišćavanja DNK izolovane na drugi način. Protokolom (3) se dobija visok
prinos DNK nezadovoljavajućeg kvaliteta. Najkvalitetniju DNK u količinama
dovoljnim za sekvenciranje su dali protokoli (2) i (4)., Биљка кичица (Centaurium erythraea) је интересантна не само због својих
лековитих својстава, већ и због изузетне развојне пластичности и регенеративе
способности у in vitro култури. Како би идентификовали гене укључене у
морфогенетске процесе, секундарни метаболизам и одговоре на стрес, поред
секвенцираних транскриптома1 је потребан и секвенциран геном. За секвенцирање
генома најмодернијом PacBio технологијом, неопходна је веома чиста
високомолекуларна ДНК, чијих 90% чине ланци > 20 kb. ДНК је изолована из
младих листова диплоидног варијетета кичице гајене in vitro, коришћењем четири
различита протокола: (1) Quick-DNA HMW MagBead Kit (Zymo Research, #D6060);
(2) модификовани ЦТАБ протокол;2 (3) протокол за изолацију бактеријске ДНК
прилагођен биљним ткивима и (4) измењен протокол за изолацију РНК из бора.3
Квалитет ДНК изолата је провераван спектрофотометријски Nano Drop апаратом,
обичном електрофорезом, пулсном електрофорезом и Фемто Пулсном анализом.
Протокол (1) даје веома ниске приносе, било кад се користи самостално или као
вид пречишћавања ДНК изоловане на други начин. Протоколом (3) се добија висок
принос ДНК незадовољавајућег квалитета. Најквалитетнију ДНК у количинама
довољним за секвенцирање су дали протоколи (2) и (4).",
publisher = "Beograd : Srpsko biološko društvo",
journal = "Treći kongres biologa Srbije",
title = "Usavršavanje protokola za izolaciju DNK visoke molekularne mase iz kičice (Centaurium erythraea), Усавршавање протокола за изолацију ДНК високе молекуларне масе из кичице (Centaurium erythraea)",
pages = "295",
url = "https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_imagine_1743"
}

Simonović, A., Filipović, B., Banjanac, T., Kojić, M., Ćuković, K.,& Subotić, A.. (2022). Usavršavanje protokola za izolaciju DNK visoke molekularne mase iz kičice (Centaurium erythraea). in Treći kongres biologa Srbije
Beograd : Srpsko biološko društvo..
https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_imagine_1743

Simonović A, Filipović B, Banjanac T, Kojić M, Ćuković K, Subotić A. Usavršavanje protokola za izolaciju DNK visoke molekularne mase iz kičice (Centaurium erythraea). in Treći kongres biologa Srbije. 2022;:null-295.
https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_imagine_1743 .

Simonović, Ana, Filipović, Biljana, Banjanac, Tijana, Kojić, Milan, Ćuković, Katarina, Subotić, Angelina, "Usavršavanje protokola za izolaciju DNK visoke molekularne mase iz kičice (Centaurium erythraea)" in Treći kongres biologa Srbije (2022),
https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_imagine_1743 .

TY  - JOUR
AU  - Milošević, Snežana
AU  - Cingel, Aleksandar
AU  - Ninković, Slavica
AU  - Nikolić, Dragana
AU  - Jevremović, Slađana
AU  - Tadić, Vojin
AU  - Subotić, Angelina
PY  - 2011
UR  - https://imagine.imgge.bg.ac.rs/handle/123456789/495
AB  - Za detekciju i identifikaciju virusa u biljnom materijalu ili potvrdu ekspresije nekog gena nakon genetičkih transformacija neophodno je imati brzu, jednostavnu i pouzdanu metodu za ekstrakciju DNK i RNK. U ovom radu smo testirali jedan protokol za izolaciju DNK i tri za ekstrakciju RNK iz biljaka Impatiens walleriana L. RNK dobijena primenom različitih metoda za ekstrakciju znatno se razlikovala po prinosu i čistoći. Kao optimalna metoda se pokazala ona koja se primenjuje za biljne vrste koje sadrže velike količine sekundarnih metabolita (polifenola i polisaharida). Nukleinske kiseline ekstrahovane primenom ovih metoda pokazale su zadovoljavajuće rezultate u PCR i RT-PCR analizama.
AB  - In order to detect and identify viruses in the plant material or to confirm the expression of a gene after genetic transformation it is necessary to have a fast, simple and reliable method for the extraction of DNA and RNA. In this study, we tested a protocol for DNA and three protocols for RNA extraction from plants of I. walleriana L. RNA obtained by different extraction methods significantly differed in its yield and purity. The optimum method proved to be the one applicable to plant species that contain large amounts of secondary metabolites (polyphenols and polysaccharides). Nucleic acid extracted by the application of these methods showed satisfactory results in PCR and RT-PCR analysis.
PB  - Savez poljoprivrednih inženjera i tehničara, Beograd
T2  - Journal of Scientific Agricultural Research
T1  - Protokol za ekstrakciju DNK i poređenje tri protokola za ekstrakciju RNK iz biljaka I. walleriana L.
T1  - A rapid protocol for DNA extraction and a comparison of tree protocols for RNA extraction from Impatiens walleriana L.
EP  - 21
IS  - 1
SP  - 15
VL  - 72
UR  - https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_ibiss_365
ER  - 

@article{
author = "Milošević, Snežana and Cingel, Aleksandar and Ninković, Slavica and Nikolić, Dragana and Jevremović, Slađana and Tadić, Vojin and Subotić, Angelina",
year = "2011",
abstract = "Za detekciju i identifikaciju virusa u biljnom materijalu ili potvrdu ekspresije nekog gena nakon genetičkih transformacija neophodno je imati brzu, jednostavnu i pouzdanu metodu za ekstrakciju DNK i RNK. U ovom radu smo testirali jedan protokol za izolaciju DNK i tri za ekstrakciju RNK iz biljaka Impatiens walleriana L. RNK dobijena primenom različitih metoda za ekstrakciju znatno se razlikovala po prinosu i čistoći. Kao optimalna metoda se pokazala ona koja se primenjuje za biljne vrste koje sadrže velike količine sekundarnih metabolita (polifenola i polisaharida). Nukleinske kiseline ekstrahovane primenom ovih metoda pokazale su zadovoljavajuće rezultate u PCR i RT-PCR analizama., In order to detect and identify viruses in the plant material or to confirm the expression of a gene after genetic transformation it is necessary to have a fast, simple and reliable method for the extraction of DNA and RNA. In this study, we tested a protocol for DNA and three protocols for RNA extraction from plants of I. walleriana L. RNA obtained by different extraction methods significantly differed in its yield and purity. The optimum method proved to be the one applicable to plant species that contain large amounts of secondary metabolites (polyphenols and polysaccharides). Nucleic acid extracted by the application of these methods showed satisfactory results in PCR and RT-PCR analysis.",
publisher = "Savez poljoprivrednih inženjera i tehničara, Beograd",
journal = "Journal of Scientific Agricultural Research",
title = "Protokol za ekstrakciju DNK i poređenje tri protokola za ekstrakciju RNK iz biljaka I. walleriana L., A rapid protocol for DNA extraction and a comparison of tree protocols for RNA extraction from Impatiens walleriana L.",
pages = "21-15",
number = "1",
volume = "72",
url = "https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_ibiss_365"
}

Milošević, S., Cingel, A., Ninković, S., Nikolić, D., Jevremović, S., Tadić, V.,& Subotić, A.. (2011). Protokol za ekstrakciju DNK i poređenje tri protokola za ekstrakciju RNK iz biljaka I. walleriana L.. in Journal of Scientific Agricultural Research
Savez poljoprivrednih inženjera i tehničara, Beograd., 72(1), 15-21.
https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_ibiss_365

Milošević S, Cingel A, Ninković S, Nikolić D, Jevremović S, Tadić V, Subotić A. Protokol za ekstrakciju DNK i poređenje tri protokola za ekstrakciju RNK iz biljaka I. walleriana L.. in Journal of Scientific Agricultural Research. 2011;72(1):15-21.
https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_ibiss_365 .

Milošević, Snežana, Cingel, Aleksandar, Ninković, Slavica, Nikolić, Dragana, Jevremović, Slađana, Tadić, Vojin, Subotić, Angelina, "Protokol za ekstrakciju DNK i poređenje tri protokola za ekstrakciju RNK iz biljaka I. walleriana L." in Journal of Scientific Agricultural Research, 72, no. 1 (2011):15-21,
https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_ibiss_365 .

TY  - JOUR
AU  - Milošević, Snežana
AU  - Cingel, Aleksandar
AU  - Ninković, Slavica
AU  - Nikolić, Dragana
AU  - Jevremović, Slađana
AU  - Tadić, Vojin
AU  - Subotić, Angelina
PY  - 2011
UR  - https://imagine.imgge.bg.ac.rs/handle/123456789/506
AB  - Jedna od vodećih oblasti savremene biotehnologije je dobijanje biljaka otpornih na patogene pomoću metoda genetičkog inženjeringa. U ovom radu je proučavana genetička transformacija Impatiens hawkerii Bull. pomoću Agrobacterium tumefaciens C58C1pac1, a cilj je dobijanje biljaka koje nose pac1 gen za rezistentnost na virus bronzavosti paradajza i druge biljne RNK viruse. Transformanati I. hawkerii Bull. na selektivnoj podlozi su brzo propadali, a ni jedan klon nije preživeo peti pasaž. Ovo propadanje je posledica velike osetljivosti ove vrste na kanamicin ili neuspešnosti transfomacije.
AB  - One of the leading areas of modern biotechnology is to develop plants resistant to pathogens using genetic engineering methods. The genetic transformation of I. hawkerii Bull. with Agrobacterium tumefaciens C58C1pac1 was observe in this study, and the aim was to derive plants carrying the gene for pac1 resistance to tomato spotted wilt virus and other plant RNA viruses. I. hawkerii Bull. transformants on a selective medium rapidly failed, and not a single clone survived the fifth passage. This decline was due to great susceptibility of this type to kanamycin or failure of the transformation.
PB  - Savez poljoprivrednih inženjera i tehničara, Beograd
T2  - Journal of Scientific Agricultural Research
T1  - Uspostavljanje model sistema za transformaciju biljaka I. hawkerii Bull.
T1  - Establishing a model system for transformation of I. hawkerii Bull. plants
EP  - 27
IS  - 1
SP  - 23
VL  - 72
UR  - https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_ibiss_366
ER  - 

@article{
author = "Milošević, Snežana and Cingel, Aleksandar and Ninković, Slavica and Nikolić, Dragana and Jevremović, Slađana and Tadić, Vojin and Subotić, Angelina",
year = "2011",
abstract = "Jedna od vodećih oblasti savremene biotehnologije je dobijanje biljaka otpornih na patogene pomoću metoda genetičkog inženjeringa. U ovom radu je proučavana genetička transformacija Impatiens hawkerii Bull. pomoću Agrobacterium tumefaciens C58C1pac1, a cilj je dobijanje biljaka koje nose pac1 gen za rezistentnost na virus bronzavosti paradajza i druge biljne RNK viruse. Transformanati I. hawkerii Bull. na selektivnoj podlozi su brzo propadali, a ni jedan klon nije preživeo peti pasaž. Ovo propadanje je posledica velike osetljivosti ove vrste na kanamicin ili neuspešnosti transfomacije., One of the leading areas of modern biotechnology is to develop plants resistant to pathogens using genetic engineering methods. The genetic transformation of I. hawkerii Bull. with Agrobacterium tumefaciens C58C1pac1 was observe in this study, and the aim was to derive plants carrying the gene for pac1 resistance to tomato spotted wilt virus and other plant RNA viruses. I. hawkerii Bull. transformants on a selective medium rapidly failed, and not a single clone survived the fifth passage. This decline was due to great susceptibility of this type to kanamycin or failure of the transformation.",
publisher = "Savez poljoprivrednih inženjera i tehničara, Beograd",
journal = "Journal of Scientific Agricultural Research",
title = "Uspostavljanje model sistema za transformaciju biljaka I. hawkerii Bull., Establishing a model system for transformation of I. hawkerii Bull. plants",
pages = "27-23",
number = "1",
volume = "72",
url = "https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_ibiss_366"
}

Milošević, S., Cingel, A., Ninković, S., Nikolić, D., Jevremović, S., Tadić, V.,& Subotić, A.. (2011). Uspostavljanje model sistema za transformaciju biljaka I. hawkerii Bull.. in Journal of Scientific Agricultural Research
Savez poljoprivrednih inženjera i tehničara, Beograd., 72(1), 23-27.
https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_ibiss_366

Milošević S, Cingel A, Ninković S, Nikolić D, Jevremović S, Tadić V, Subotić A. Uspostavljanje model sistema za transformaciju biljaka I. hawkerii Bull.. in Journal of Scientific Agricultural Research. 2011;72(1):23-27.
https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_ibiss_366 .

Milošević, Snežana, Cingel, Aleksandar, Ninković, Slavica, Nikolić, Dragana, Jevremović, Slađana, Tadić, Vojin, Subotić, Angelina, "Uspostavljanje model sistema za transformaciju biljaka I. hawkerii Bull." in Journal of Scientific Agricultural Research, 72, no. 1 (2011):23-27,
https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_ibiss_366 .