TY  - CONF
AU  - Simonović, Ana
AU  - Filipović, Biljana
AU  - Banjanac, Tijana
AU  - Kojić, Milan
AU  - Ćuković, Katarina
AU  - Subotić, Angelina
PY  - 2022
UR  - https://imagine.imgge.bg.ac.rs/handle/123456789/1743
AB  - Biljka kičica (Centaurium erythraea) je interesantna ne samo zbog svojih
lekovitih svojstava, već i zbog izuzetne razvojne plastičnosti i regenerative
sposobnosti u in vitro kulturi. Kako bi identifikovali gene uključene u
morfogenetske procese, sekundarni metabolizam i odgovore na stres, pored
sekvenciranih transkriptoma1 je potreban i sekvenciran genom. Za sekvenciranje
genoma najmodernijom PacBio tehnologijom, neophodna je veoma čista
visokomolekularna DNK, čijih 90% čine lanci > 20 kb. DNK je izolovana iz
mladih listova diploidnog varijeteta kičice gajene in vitro, korišćenjem četiri
različita protokola: (1) Quick-DNA HMW MagBead Kit (Zymo Research, #D6060);
(2) modifikovani CTAB protokol;2 (3) protokol za izolaciju bakterijske DNK
prilagođen biljnim tkivima i (4) izmenjen protokol za izolaciju RNK iz bora.3
Kvalitet DNK izolata je proveravan spektrofotometrijski Nano Drop aparatom,
običnom elektroforezom, pulsnom elektroforezom i Femto Pulsnom analizom.
Protokol (1) daje veoma niske prinose, bilo kad se koristi samostalno ili kao
vid prečišćavanja DNK izolovane na drugi način. Protokolom (3) se dobija visok
prinos DNK nezadovoljavajućeg kvaliteta. Najkvalitetniju DNK u količinama
dovoljnim za sekvenciranje su dali protokoli (2) i (4).
AB  - Биљка кичица (Centaurium erythraea) је интересантна не само због својих
лековитих својстава, већ и због изузетне развојне пластичности и регенеративе
способности у in vitro култури. Како би идентификовали гене укључене у
морфогенетске процесе, секундарни метаболизам и одговоре на стрес, поред
секвенцираних транскриптома1 је потребан и секвенциран геном. За секвенцирање
генома најмодернијом PacBio технологијом, неопходна је веома чиста
високомолекуларна ДНК, чијих 90% чине ланци > 20 kb. ДНК је изолована из
младих листова диплоидног варијетета кичице гајене in vitro, коришћењем четири
различита протокола: (1) Quick-DNA HMW MagBead Kit (Zymo Research, #D6060);
(2) модификовани ЦТАБ протокол;2 (3) протокол за изолацију бактеријске ДНК
прилагођен биљним ткивима и (4) измењен протокол за изолацију РНК из бора.3
Квалитет ДНК изолата је провераван спектрофотометријски Nano Drop апаратом,
обичном електрофорезом, пулсном електрофорезом и Фемто Пулсном анализом.
Протокол (1) даје веома ниске приносе, било кад се користи самостално или као
вид пречишћавања ДНК изоловане на други начин. Протоколом (3) се добија висок
принос ДНК незадовољавајућег квалитета. Најквалитетнију ДНК у количинама
довољним за секвенцирање су дали протоколи (2) и (4).
PB  - Beograd : Srpsko biološko društvo
C3  - Treći kongres biologa Srbije
T1  - Usavršavanje protokola za izolaciju DNK visoke molekularne mase iz kičice (Centaurium erythraea)
T1  - Усавршавање протокола за изолацију ДНК високе молекуларне масе из кичице (Centaurium erythraea)
EP  - 295
UR  - https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_imagine_1743
ER  - 

@conference{
author = "Simonović, Ana and Filipović, Biljana and Banjanac, Tijana and Kojić, Milan and Ćuković, Katarina and Subotić, Angelina",
year = "2022",
abstract = "Biljka kičica (Centaurium erythraea) je interesantna ne samo zbog svojih
lekovitih svojstava, već i zbog izuzetne razvojne plastičnosti i regenerative
sposobnosti u in vitro kulturi. Kako bi identifikovali gene uključene u
morfogenetske procese, sekundarni metabolizam i odgovore na stres, pored
sekvenciranih transkriptoma1 je potreban i sekvenciran genom. Za sekvenciranje
genoma najmodernijom PacBio tehnologijom, neophodna je veoma čista
visokomolekularna DNK, čijih 90% čine lanci > 20 kb. DNK je izolovana iz
mladih listova diploidnog varijeteta kičice gajene in vitro, korišćenjem četiri
različita protokola: (1) Quick-DNA HMW MagBead Kit (Zymo Research, #D6060);
(2) modifikovani CTAB protokol;2 (3) protokol za izolaciju bakterijske DNK
prilagođen biljnim tkivima i (4) izmenjen protokol za izolaciju RNK iz bora.3
Kvalitet DNK izolata je proveravan spektrofotometrijski Nano Drop aparatom,
običnom elektroforezom, pulsnom elektroforezom i Femto Pulsnom analizom.
Protokol (1) daje veoma niske prinose, bilo kad se koristi samostalno ili kao
vid prečišćavanja DNK izolovane na drugi način. Protokolom (3) se dobija visok
prinos DNK nezadovoljavajućeg kvaliteta. Najkvalitetniju DNK u količinama
dovoljnim za sekvenciranje su dali protokoli (2) i (4)., Биљка кичица (Centaurium erythraea) је интересантна не само због својих
лековитих својстава, већ и због изузетне развојне пластичности и регенеративе
способности у in vitro култури. Како би идентификовали гене укључене у
морфогенетске процесе, секундарни метаболизам и одговоре на стрес, поред
секвенцираних транскриптома1 је потребан и секвенциран геном. За секвенцирање
генома најмодернијом PacBio технологијом, неопходна је веома чиста
високомолекуларна ДНК, чијих 90% чине ланци > 20 kb. ДНК је изолована из
младих листова диплоидног варијетета кичице гајене in vitro, коришћењем четири
различита протокола: (1) Quick-DNA HMW MagBead Kit (Zymo Research, #D6060);
(2) модификовани ЦТАБ протокол;2 (3) протокол за изолацију бактеријске ДНК
прилагођен биљним ткивима и (4) измењен протокол за изолацију РНК из бора.3
Квалитет ДНК изолата је провераван спектрофотометријски Nano Drop апаратом,
обичном електрофорезом, пулсном електрофорезом и Фемто Пулсном анализом.
Протокол (1) даје веома ниске приносе, било кад се користи самостално или као
вид пречишћавања ДНК изоловане на други начин. Протоколом (3) се добија висок
принос ДНК незадовољавајућег квалитета. Најквалитетнију ДНК у количинама
довољним за секвенцирање су дали протоколи (2) и (4).",
publisher = "Beograd : Srpsko biološko društvo",
journal = "Treći kongres biologa Srbije",
title = "Usavršavanje protokola za izolaciju DNK visoke molekularne mase iz kičice (Centaurium erythraea), Усавршавање протокола за изолацију ДНК високе молекуларне масе из кичице (Centaurium erythraea)",
pages = "295",
url = "https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_imagine_1743"
}

Simonović, A., Filipović, B., Banjanac, T., Kojić, M., Ćuković, K.,& Subotić, A.. (2022). Usavršavanje protokola za izolaciju DNK visoke molekularne mase iz kičice (Centaurium erythraea). in Treći kongres biologa Srbije
Beograd : Srpsko biološko društvo..
https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_imagine_1743

Simonović A, Filipović B, Banjanac T, Kojić M, Ćuković K, Subotić A. Usavršavanje protokola za izolaciju DNK visoke molekularne mase iz kičice (Centaurium erythraea). in Treći kongres biologa Srbije. 2022;:null-295.
https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_imagine_1743 .

Simonović, Ana, Filipović, Biljana, Banjanac, Tijana, Kojić, Milan, Ćuković, Katarina, Subotić, Angelina, "Usavršavanje protokola za izolaciju DNK visoke molekularne mase iz kičice (Centaurium erythraea)" in Treći kongres biologa Srbije (2022),
https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_imagine_1743 .

TY  - JOUR
AU  - Milosević, Snežana
AU  - Simonović, Ana
AU  - Cingel, Aleksandar
AU  - Nikolić, Dragana
AU  - Ninković, Slavica
AU  - Subotić, Angelina
PY  - 2013
UR  - https://imagine.imgge.bg.ac.rs/handle/123456789/690
AB  - The production of several popular impatiens cultivars in Serbia suffers substantial losses due to high incidence of Tomato spotted wilt virus (TSWV) infections. Since TSWV, like majority of plant viruses, has RNA genome and replicates via double-stranded RNA (dsRNA) intermediates, it is a good target for dsRNA-specific endonuclease encoded by pad gene from Schizosaccharomyces pombe. In order to introduce resistance to TSWV, Impatiens walleriana, as well as referent species Nicotiana tabacum, were transformed with Agrobacterium tumefaciens C58C1pac1 bearing a binary vector pKT-Lpac1. The transformation and regeneration was successful in both plant species, but the transformation efficiency was higher in tobacco. The obtained pac1-transformed impatiens and tobacco lines were challenged with TSWV by manual inoculation in vitro. I. walleriana clones expressing pad were completely resistant to TSWV. Some of the transgenic tobacco lines also showed complete resistance, while others were infected, but with lower frequency, prolonged incubation period and milder symptoms in comparison to untransformed plants. Comparison of morphological parameters including shoot length, number of nodes, leaf length and number of axillary buds per plant between control and transformed lines revealed that pad expression does not alter the morphology of the transformants.
PB  - Elsevier, Amsterdam
T2  - Scientia Horticulturae
T1  - Introduction of dsRNA-specific ribonuclease pac1 into Impatiens walleriana provides resistance to Tomato spotted wilt virus
EP  - 506
SP  - 499
VL  - 164
DO  - 10.1016/j.scienta.2013.10.015
ER  - 

@article{
author = "Milosević, Snežana and Simonović, Ana and Cingel, Aleksandar and Nikolić, Dragana and Ninković, Slavica and Subotić, Angelina",
year = "2013",
abstract = "The production of several popular impatiens cultivars in Serbia suffers substantial losses due to high incidence of Tomato spotted wilt virus (TSWV) infections. Since TSWV, like majority of plant viruses, has RNA genome and replicates via double-stranded RNA (dsRNA) intermediates, it is a good target for dsRNA-specific endonuclease encoded by pad gene from Schizosaccharomyces pombe. In order to introduce resistance to TSWV, Impatiens walleriana, as well as referent species Nicotiana tabacum, were transformed with Agrobacterium tumefaciens C58C1pac1 bearing a binary vector pKT-Lpac1. The transformation and regeneration was successful in both plant species, but the transformation efficiency was higher in tobacco. The obtained pac1-transformed impatiens and tobacco lines were challenged with TSWV by manual inoculation in vitro. I. walleriana clones expressing pad were completely resistant to TSWV. Some of the transgenic tobacco lines also showed complete resistance, while others were infected, but with lower frequency, prolonged incubation period and milder symptoms in comparison to untransformed plants. Comparison of morphological parameters including shoot length, number of nodes, leaf length and number of axillary buds per plant between control and transformed lines revealed that pad expression does not alter the morphology of the transformants.",
publisher = "Elsevier, Amsterdam",
journal = "Scientia Horticulturae",
title = "Introduction of dsRNA-specific ribonuclease pac1 into Impatiens walleriana provides resistance to Tomato spotted wilt virus",
pages = "506-499",
volume = "164",
doi = "10.1016/j.scienta.2013.10.015"
}

Milosević, S., Simonović, A., Cingel, A., Nikolić, D., Ninković, S.,& Subotić, A.. (2013). Introduction of dsRNA-specific ribonuclease pac1 into Impatiens walleriana provides resistance to Tomato spotted wilt virus. in Scientia Horticulturae
Elsevier, Amsterdam., 164, 499-506.
https://doi.org/10.1016/j.scienta.2013.10.015

Milosević S, Simonović A, Cingel A, Nikolić D, Ninković S, Subotić A. Introduction of dsRNA-specific ribonuclease pac1 into Impatiens walleriana provides resistance to Tomato spotted wilt virus. in Scientia Horticulturae. 2013;164:499-506.
doi:10.1016/j.scienta.2013.10.015 .

Milosević, Snežana, Simonović, Ana, Cingel, Aleksandar, Nikolić, Dragana, Ninković, Slavica, Subotić, Angelina, "Introduction of dsRNA-specific ribonuclease pac1 into Impatiens walleriana provides resistance to Tomato spotted wilt virus" in Scientia Horticulturae, 164 (2013):499-506,
https://doi.org/10.1016/j.scienta.2013.10.015 . .