Analiza alternativnih transkripata gena CD81 u kolorektalnom karcinomu
Анализа алтернативних транскрипата гена CD81 у колоректалном карциному
Аутори
Jovanović, EmilijaDragičević, Sandra
Babić, Tamara
Nikolić, Aleksandra
Остала ауторства
Živić, MiroslavPetković, Branka
Конференцијски прилог (Објављена верзија)
Метаподаци
Приказ свих података о документуАпстракт
Transkripcija gena CD81, čiji proteinski produkt ostvaruje brojne biološke
uloge i uključen je u razvoj maligniteta, regulisana je alternativnim
promotorima. U prethodnoj in silico studiji pokazali smo da se regulatorni
proteini diferencijalno vezuju za alternativne promotore gena CD81 označene
kao A i B, za koje je prethodno pokazano da su diferencijalno aktivni u
kolorektalnom karcinomu.1,2 Cilj ovog rada bio je da se u kolorektalnom
karcinomu in vitro analiziraju transkripti koji nastaju usled aktivnosti ovih
promotora. Ekspresija alternativnih transkripata, kao i ukupna ekspresija gena
CD81 analizirane su u humanim ćelijskim linijama kolona metodom PCR u
realnom vremenu. Pokazano je da alternativni promotori doprinose ukupnoj
ekspresiji gena CD81 sa relativno malim udelom: promotor A 0,43-12,86%, a
promotor B 0,40-4,13%. U nemalignoj ćelijskoj liniji HCEC-1CT, pokazan je
približno jednak nivo ekspresije transkripata oba promotora, dok je u malignim
ćelijskim linijama H...T29, Caco-2, HCT116, SW480 i SW620, ekspresija
transkipata promotora A bila veća u odnosu na promotor B, što je očekivano na
osnovu prethodnih in silico studija. Dobijeni rezultati ukazuju na potencijal
alternativnih transkripata gena CD81 kao biomarkera za kolorektalni karcinom.
Kako uloga transkripata nije poznata, njihova struktura i ekspresija sugerišu da
treba ispitati mogućnost da neki od njih mogu biti duge nekodirajuće RNK.
Транскрипција гена CD81, чији протеински продукт остварује бројне биолошке
улоге и укључен је у развој малигнитета, регулисана је алтернативним
промоторима. У претходној in silico студији показали смо да се регулаторни
протеини диференцијално везују за алтернативне промоторе гена CD81 означене
као А и Б, за које је претходно показано да су диференцијално активни у
колоректалном карциному.1,2 Циљ овог рада био је да се у колоректалном
карциному in vitro анализирају транскрипти који настају услед активности ових
промотора. Експресија алтернативних транскрипата, као и укупна експресија гена
CD81 анализиране су у хуманим ћелијским линијама колона методом ПЦР у
реaлном времену. Показано је да алтернативни промотори доприносе укупној
експресији гена CD81 са релативно малим уделом: промотор А 0,43-12,86%, а
промотор Б 0,40-4,13%. У немалигној ћелијској линији HCEC-1CT, показан је
приближно једнак ниво експресије транскрипата оба промотора, док је у малигним
ћелијским линијама HT2...9, Caco-2, HCT116, SW480 и SW620, експресија
транскипата промотора А била већа у односу на промотор Б, што је очекивано на
основу претходних in silico студија. Добијени резултати указују на потенцијал
алтернативних транскрипата гена CD81 као биомаркера за колоректални карцином.
Како улога транскрипата није позната, њихова структура и експресија сугеришу да
треба испитати могућност да неки од њих могу бити дуге некодирајуће РНК.
Извор:
Treći kongres biologa Srbije, 2022, 303-303Издавач:
- Treći kongres biologa Srbije
Финансирање / пројекти:
- SENSOGENE - Cancer Biosensors Based on Gene Regulatory Elements (RS-ScienceFundRS-Promis-6052315)
Напомена:
- Knjiga sažetaka: Treći Kongres biologa Srbije, Zlatibor, Srbija 21 - 25. 9. 2022.
Колекције
Институција/група
Institut za molekularnu genetiku i genetičko inženjerstvoTY - CONF AU - Jovanović, Emilija AU - Dragičević, Sandra AU - Babić, Tamara AU - Nikolić, Aleksandra PY - 2022 UR - https://imagine.imgge.bg.ac.rs/handle/123456789/1741 AB - Transkripcija gena CD81, čiji proteinski produkt ostvaruje brojne biološke uloge i uključen je u razvoj maligniteta, regulisana je alternativnim promotorima. U prethodnoj in silico studiji pokazali smo da se regulatorni proteini diferencijalno vezuju za alternativne promotore gena CD81 označene kao A i B, za koje je prethodno pokazano da su diferencijalno aktivni u kolorektalnom karcinomu.1,2 Cilj ovog rada bio je da se u kolorektalnom karcinomu in vitro analiziraju transkripti koji nastaju usled aktivnosti ovih promotora. Ekspresija alternativnih transkripata, kao i ukupna ekspresija gena CD81 analizirane su u humanim ćelijskim linijama kolona metodom PCR u realnom vremenu. Pokazano je da alternativni promotori doprinose ukupnoj ekspresiji gena CD81 sa relativno malim udelom: promotor A 0,43-12,86%, a promotor B 0,40-4,13%. U nemalignoj ćelijskoj liniji HCEC-1CT, pokazan je približno jednak nivo ekspresije transkripata oba promotora, dok je u malignim ćelijskim linijama HT29, Caco-2, HCT116, SW480 i SW620, ekspresija transkipata promotora A bila veća u odnosu na promotor B, što je očekivano na osnovu prethodnih in silico studija. Dobijeni rezultati ukazuju na potencijal alternativnih transkripata gena CD81 kao biomarkera za kolorektalni karcinom. Kako uloga transkripata nije poznata, njihova struktura i ekspresija sugerišu da treba ispitati mogućnost da neki od njih mogu biti duge nekodirajuće RNK. AB - Транскрипција гена CD81, чији протеински продукт остварује бројне биолошке улоге и укључен је у развој малигнитета, регулисана је алтернативним промоторима. У претходној in silico студији показали смо да се регулаторни протеини диференцијално везују за алтернативне промоторе гена CD81 означене као А и Б, за које је претходно показано да су диференцијално активни у колоректалном карциному.1,2 Циљ овог рада био је да се у колоректалном карциному in vitro анализирају транскрипти који настају услед активности ових промотора. Експресија алтернативних транскрипата, као и укупна експресија гена CD81 анализиране су у хуманим ћелијским линијама колона методом ПЦР у реaлном времену. Показано је да алтернативни промотори доприносе укупној експресији гена CD81 са релативно малим уделом: промотор А 0,43-12,86%, а промотор Б 0,40-4,13%. У немалигној ћелијској линији HCEC-1CT, показан је приближно једнак ниво експресије транскрипата оба промотора, док је у малигним ћелијским линијама HT29, Caco-2, HCT116, SW480 и SW620, експресија транскипата промотора А била већа у односу на промотор Б, што је очекивано на основу претходних in silico студија. Добијени резултати указују на потенцијал алтернативних транскрипата гена CD81 као биомаркера за колоректални карцином. Како улога транскрипата није позната, њихова структура и експресија сугеришу да треба испитати могућност да неки од њих могу бити дуге некодирајуће РНК. PB - Treći kongres biologa Srbije C3 - Treći kongres biologa Srbije T1 - Analiza alternativnih transkripata gena CD81 u kolorektalnom karcinomu T1 - Анализа алтернативних транскрипата гена CD81 у колоректалном карциному EP - 303 SP - 303 UR - https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_imagine_1741 ER -
@conference{ author = "Jovanović, Emilija and Dragičević, Sandra and Babić, Tamara and Nikolić, Aleksandra", year = "2022", abstract = "Transkripcija gena CD81, čiji proteinski produkt ostvaruje brojne biološke uloge i uključen je u razvoj maligniteta, regulisana je alternativnim promotorima. U prethodnoj in silico studiji pokazali smo da se regulatorni proteini diferencijalno vezuju za alternativne promotore gena CD81 označene kao A i B, za koje je prethodno pokazano da su diferencijalno aktivni u kolorektalnom karcinomu.1,2 Cilj ovog rada bio je da se u kolorektalnom karcinomu in vitro analiziraju transkripti koji nastaju usled aktivnosti ovih promotora. Ekspresija alternativnih transkripata, kao i ukupna ekspresija gena CD81 analizirane su u humanim ćelijskim linijama kolona metodom PCR u realnom vremenu. Pokazano je da alternativni promotori doprinose ukupnoj ekspresiji gena CD81 sa relativno malim udelom: promotor A 0,43-12,86%, a promotor B 0,40-4,13%. U nemalignoj ćelijskoj liniji HCEC-1CT, pokazan je približno jednak nivo ekspresije transkripata oba promotora, dok je u malignim ćelijskim linijama HT29, Caco-2, HCT116, SW480 i SW620, ekspresija transkipata promotora A bila veća u odnosu na promotor B, što je očekivano na osnovu prethodnih in silico studija. Dobijeni rezultati ukazuju na potencijal alternativnih transkripata gena CD81 kao biomarkera za kolorektalni karcinom. Kako uloga transkripata nije poznata, njihova struktura i ekspresija sugerišu da treba ispitati mogućnost da neki od njih mogu biti duge nekodirajuće RNK., Транскрипција гена CD81, чији протеински продукт остварује бројне биолошке улоге и укључен је у развој малигнитета, регулисана је алтернативним промоторима. У претходној in silico студији показали смо да се регулаторни протеини диференцијално везују за алтернативне промоторе гена CD81 означене као А и Б, за које је претходно показано да су диференцијално активни у колоректалном карциному.1,2 Циљ овог рада био је да се у колоректалном карциному in vitro анализирају транскрипти који настају услед активности ових промотора. Експресија алтернативних транскрипата, као и укупна експресија гена CD81 анализиране су у хуманим ћелијским линијама колона методом ПЦР у реaлном времену. Показано је да алтернативни промотори доприносе укупној експресији гена CD81 са релативно малим уделом: промотор А 0,43-12,86%, а промотор Б 0,40-4,13%. У немалигној ћелијској линији HCEC-1CT, показан је приближно једнак ниво експресије транскрипата оба промотора, док је у малигним ћелијским линијама HT29, Caco-2, HCT116, SW480 и SW620, експресија транскипата промотора А била већа у односу на промотор Б, што је очекивано на основу претходних in silico студија. Добијени резултати указују на потенцијал алтернативних транскрипата гена CD81 као биомаркера за колоректални карцином. Како улога транскрипата није позната, њихова структура и експресија сугеришу да треба испитати могућност да неки од њих могу бити дуге некодирајуће РНК.", publisher = "Treći kongres biologa Srbije", journal = "Treći kongres biologa Srbije", title = "Analiza alternativnih transkripata gena CD81 u kolorektalnom karcinomu, Анализа алтернативних транскрипата гена CD81 у колоректалном карциному", pages = "303-303", url = "https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_imagine_1741" }
Jovanović, E., Dragičević, S., Babić, T.,& Nikolić, A.. (2022). Analiza alternativnih transkripata gena CD81 u kolorektalnom karcinomu. in Treći kongres biologa Srbije Treći kongres biologa Srbije., 303-303. https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_imagine_1741
Jovanović E, Dragičević S, Babić T, Nikolić A. Analiza alternativnih transkripata gena CD81 u kolorektalnom karcinomu. in Treći kongres biologa Srbije. 2022;:303-303. https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_imagine_1741 .
Jovanović, Emilija, Dragičević, Sandra, Babić, Tamara, Nikolić, Aleksandra, "Analiza alternativnih transkripata gena CD81 u kolorektalnom karcinomu" in Treći kongres biologa Srbije (2022):303-303, https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_imagine_1741 .