Usavršavanje protokola za izolaciju DNK visoke molekularne mase iz kičice (Centaurium erythraea)
Усавршавање протокола за изолацију ДНК високе молекуларне масе из кичице (Centaurium erythraea)
Аутори
Simonović, AnaFilipović, Biljana
Banjanac, Tijana
Kojić, Milan
Ćuković, Katarina
Subotić, Angelina
Остала ауторства
Živić, MiroslavPetković, Branka
Конференцијски прилог (Објављена верзија)
Метаподаци
Приказ свих података о документуАпстракт
Biljka kičica (Centaurium erythraea) je interesantna ne samo zbog svojih
lekovitih svojstava, već i zbog izuzetne razvojne plastičnosti i regenerative
sposobnosti u in vitro kulturi. Kako bi identifikovali gene uključene u
morfogenetske procese, sekundarni metabolizam i odgovore na stres, pored
sekvenciranih transkriptoma1 je potreban i sekvenciran genom. Za sekvenciranje
genoma najmodernijom PacBio tehnologijom, neophodna je veoma čista
visokomolekularna DNK, čijih 90% čine lanci > 20 kb. DNK je izolovana iz
mladih listova diploidnog varijeteta kičice gajene in vitro, korišćenjem četiri
različita protokola: (1) Quick-DNA HMW MagBead Kit (Zymo Research, #D6060);
(2) modifikovani CTAB protokol;2 (3) protokol za izolaciju bakterijske DNK
prilagođen biljnim tkivima i (4) izmenjen protokol za izolaciju RNK iz bora.3
Kvalitet DNK izolata je proveravan spektrofotometrijski Nano Drop aparatom,
običnom elektroforezom, pulsnom elektroforezom i Femto Pulsnom analizom.
Protokol (1) d...aje veoma niske prinose, bilo kad se koristi samostalno ili kao
vid prečišćavanja DNK izolovane na drugi način. Protokolom (3) se dobija visok
prinos DNK nezadovoljavajućeg kvaliteta. Najkvalitetniju DNK u količinama
dovoljnim za sekvenciranje su dali protokoli (2) i (4).
Биљка кичица (Centaurium erythraea) је интересантна не само због својих
лековитих својстава, већ и због изузетне развојне пластичности и регенеративе
способности у in vitro култури. Како би идентификовали гене укључене у
морфогенетске процесе, секундарни метаболизам и одговоре на стрес, поред
секвенцираних транскриптома1 је потребан и секвенциран геном. За секвенцирање
генома најмодернијом PacBio технологијом, неопходна је веома чиста
високомолекуларна ДНК, чијих 90% чине ланци > 20 kb. ДНК је изолована из
младих листова диплоидног варијетета кичице гајене in vitro, коришћењем четири
различита протокола: (1) Quick-DNA HMW MagBead Kit (Zymo Research, #D6060);
(2) модификовани ЦТАБ протокол;2 (3) протокол за изолацију бактеријске ДНК
прилагођен биљним ткивима и (4) измењен протокол за изолацију РНК из бора.3
Квалитет ДНК изолата је провераван спектрофотометријски Nano Drop апаратом,
обичном електрофорезом, пулсном електрофорезом и Фемто Пулсном анализом.
Протокол (1) даје ве...ома ниске приносе, било кад се користи самостално или као
вид пречишћавања ДНК изоловане на други начин. Протоколом (3) се добија висок
принос ДНК незадовољавајућег квалитета. Најквалитетнију ДНК у количинама
довољним за секвенцирање су дали протоколи (2) и (4).
Извор:
Treći kongres biologa Srbije, 2022, -295Издавач:
- Beograd : Srpsko biološko društvo
Финансирање / пројекти:
- Министарство науке, технолошког развоја и иновација Републике Србије, институционално финансирање - 200007 (Универзитет у Београду, Институт за биолошка истраживања 'Синиша Станковић') (RS-MESTD-inst-2020-200007)
Напомена:
- Knjiga sažetaka: Treći Kongres biologa Srbije, Zlatibor, Srbija 21 - 25. 9. 2022.
Институција/група
Institut za molekularnu genetiku i genetičko inženjerstvoTY - CONF AU - Simonović, Ana AU - Filipović, Biljana AU - Banjanac, Tijana AU - Kojić, Milan AU - Ćuković, Katarina AU - Subotić, Angelina PY - 2022 UR - https://imagine.imgge.bg.ac.rs/handle/123456789/1743 AB - Biljka kičica (Centaurium erythraea) je interesantna ne samo zbog svojih lekovitih svojstava, već i zbog izuzetne razvojne plastičnosti i regenerative sposobnosti u in vitro kulturi. Kako bi identifikovali gene uključene u morfogenetske procese, sekundarni metabolizam i odgovore na stres, pored sekvenciranih transkriptoma1 je potreban i sekvenciran genom. Za sekvenciranje genoma najmodernijom PacBio tehnologijom, neophodna je veoma čista visokomolekularna DNK, čijih 90% čine lanci > 20 kb. DNK je izolovana iz mladih listova diploidnog varijeteta kičice gajene in vitro, korišćenjem četiri različita protokola: (1) Quick-DNA HMW MagBead Kit (Zymo Research, #D6060); (2) modifikovani CTAB protokol;2 (3) protokol za izolaciju bakterijske DNK prilagođen biljnim tkivima i (4) izmenjen protokol za izolaciju RNK iz bora.3 Kvalitet DNK izolata je proveravan spektrofotometrijski Nano Drop aparatom, običnom elektroforezom, pulsnom elektroforezom i Femto Pulsnom analizom. Protokol (1) daje veoma niske prinose, bilo kad se koristi samostalno ili kao vid prečišćavanja DNK izolovane na drugi način. Protokolom (3) se dobija visok prinos DNK nezadovoljavajućeg kvaliteta. Najkvalitetniju DNK u količinama dovoljnim za sekvenciranje su dali protokoli (2) i (4). AB - Биљка кичица (Centaurium erythraea) је интересантна не само због својих лековитих својстава, већ и због изузетне развојне пластичности и регенеративе способности у in vitro култури. Како би идентификовали гене укључене у морфогенетске процесе, секундарни метаболизам и одговоре на стрес, поред секвенцираних транскриптома1 је потребан и секвенциран геном. За секвенцирање генома најмодернијом PacBio технологијом, неопходна је веома чиста високомолекуларна ДНК, чијих 90% чине ланци > 20 kb. ДНК је изолована из младих листова диплоидног варијетета кичице гајене in vitro, коришћењем четири различита протокола: (1) Quick-DNA HMW MagBead Kit (Zymo Research, #D6060); (2) модификовани ЦТАБ протокол;2 (3) протокол за изолацију бактеријске ДНК прилагођен биљним ткивима и (4) измењен протокол за изолацију РНК из бора.3 Квалитет ДНК изолата је провераван спектрофотометријски Nano Drop апаратом, обичном електрофорезом, пулсном електрофорезом и Фемто Пулсном анализом. Протокол (1) даје веома ниске приносе, било кад се користи самостално или као вид пречишћавања ДНК изоловане на други начин. Протоколом (3) се добија висок принос ДНК незадовољавајућег квалитета. Најквалитетнију ДНК у количинама довољним за секвенцирање су дали протоколи (2) и (4). PB - Beograd : Srpsko biološko društvo C3 - Treći kongres biologa Srbije T1 - Usavršavanje protokola za izolaciju DNK visoke molekularne mase iz kičice (Centaurium erythraea) T1 - Усавршавање протокола за изолацију ДНК високе молекуларне масе из кичице (Centaurium erythraea) EP - 295 UR - https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_imagine_1743 ER -
@conference{ author = "Simonović, Ana and Filipović, Biljana and Banjanac, Tijana and Kojić, Milan and Ćuković, Katarina and Subotić, Angelina", year = "2022", abstract = "Biljka kičica (Centaurium erythraea) je interesantna ne samo zbog svojih lekovitih svojstava, već i zbog izuzetne razvojne plastičnosti i regenerative sposobnosti u in vitro kulturi. Kako bi identifikovali gene uključene u morfogenetske procese, sekundarni metabolizam i odgovore na stres, pored sekvenciranih transkriptoma1 je potreban i sekvenciran genom. Za sekvenciranje genoma najmodernijom PacBio tehnologijom, neophodna je veoma čista visokomolekularna DNK, čijih 90% čine lanci > 20 kb. DNK je izolovana iz mladih listova diploidnog varijeteta kičice gajene in vitro, korišćenjem četiri različita protokola: (1) Quick-DNA HMW MagBead Kit (Zymo Research, #D6060); (2) modifikovani CTAB protokol;2 (3) protokol za izolaciju bakterijske DNK prilagođen biljnim tkivima i (4) izmenjen protokol za izolaciju RNK iz bora.3 Kvalitet DNK izolata je proveravan spektrofotometrijski Nano Drop aparatom, običnom elektroforezom, pulsnom elektroforezom i Femto Pulsnom analizom. Protokol (1) daje veoma niske prinose, bilo kad se koristi samostalno ili kao vid prečišćavanja DNK izolovane na drugi način. Protokolom (3) se dobija visok prinos DNK nezadovoljavajućeg kvaliteta. Najkvalitetniju DNK u količinama dovoljnim za sekvenciranje su dali protokoli (2) i (4)., Биљка кичица (Centaurium erythraea) је интересантна не само због својих лековитих својстава, већ и због изузетне развојне пластичности и регенеративе способности у in vitro култури. Како би идентификовали гене укључене у морфогенетске процесе, секундарни метаболизам и одговоре на стрес, поред секвенцираних транскриптома1 је потребан и секвенциран геном. За секвенцирање генома најмодернијом PacBio технологијом, неопходна је веома чиста високомолекуларна ДНК, чијих 90% чине ланци > 20 kb. ДНК је изолована из младих листова диплоидног варијетета кичице гајене in vitro, коришћењем четири различита протокола: (1) Quick-DNA HMW MagBead Kit (Zymo Research, #D6060); (2) модификовани ЦТАБ протокол;2 (3) протокол за изолацију бактеријске ДНК прилагођен биљним ткивима и (4) измењен протокол за изолацију РНК из бора.3 Квалитет ДНК изолата је провераван спектрофотометријски Nano Drop апаратом, обичном електрофорезом, пулсном електрофорезом и Фемто Пулсном анализом. Протокол (1) даје веома ниске приносе, било кад се користи самостално или као вид пречишћавања ДНК изоловане на други начин. Протоколом (3) се добија висок принос ДНК незадовољавајућег квалитета. Најквалитетнију ДНК у количинама довољним за секвенцирање су дали протоколи (2) и (4).", publisher = "Beograd : Srpsko biološko društvo", journal = "Treći kongres biologa Srbije", title = "Usavršavanje protokola za izolaciju DNK visoke molekularne mase iz kičice (Centaurium erythraea), Усавршавање протокола за изолацију ДНК високе молекуларне масе из кичице (Centaurium erythraea)", pages = "295", url = "https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_imagine_1743" }
Simonović, A., Filipović, B., Banjanac, T., Kojić, M., Ćuković, K.,& Subotić, A.. (2022). Usavršavanje protokola za izolaciju DNK visoke molekularne mase iz kičice (Centaurium erythraea). in Treći kongres biologa Srbije Beograd : Srpsko biološko društvo.. https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_imagine_1743
Simonović A, Filipović B, Banjanac T, Kojić M, Ćuković K, Subotić A. Usavršavanje protokola za izolaciju DNK visoke molekularne mase iz kičice (Centaurium erythraea). in Treći kongres biologa Srbije. 2022;:null-295. https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_imagine_1743 .
Simonović, Ana, Filipović, Biljana, Banjanac, Tijana, Kojić, Milan, Ćuković, Katarina, Subotić, Angelina, "Usavršavanje protokola za izolaciju DNK visoke molekularne mase iz kičice (Centaurium erythraea)" in Treći kongres biologa Srbije (2022), https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_imagine_1743 .