Karakterizacija transkripcionih faktora koji se vezuju za GATA motiv na poziciji-120 u promotoru βbminy-globinskog gena pacova
Characterization of transcription factors binding to-120 GATA motif of rat βbminy-globin promoter
Апстракт
Cilj ovog rada je bio rasvetljavanje regulacije transkripcije adultnog βbminy-globinskog gena pacova. Da bi se okarakterisali transkripcioni faktori uključeni u ovu regulaciju, upotrebljena je metodologija koja je obuhvatila "footprint" (otisak proteina na DNK), "gel shift" (metoda usporene pokretljivosti u gelu) i "supershift" (metoda kompeticije antitelom u "gel shift"-u) eseje. U ovom radu je analiziran GATA motiv lociran na-120 bp distalnog promotora βbminy-globinskog gena. "Footprint" analiza je otkrila vezivanje nuklearnih faktora iz MEL ćelija za GATA motiv. Uz pomoć "gel shift" eseja detektovana su dva proteinska kompleksa. Kompleks koji je brže migrirao u gelu je eritroidno-specifičan i zastupljeniji je u diferencirajućim MEL ćelijama. Eksperimenti kompeticije sa GATA-1 oligonukleotidom i GATA-1 antitelima potvrdili su vezivanje GATA-1 transkripcionog faktora za GATA motiv na poziciji-120 adultnog βbminy-globinskog gena pacova.
The aim of this study was to elucidate the regulation of rat adult βbminy-globin gene transcription. We used DNasel foot printing, gel mobility shift and super shift assays to characterize transcription factors involved in this regulation. In this study we analyzed GATA motif at-120 bp in the distal promoter of βbminy-globin gene. Footprint analysis revealed the binding of nuclear factors from MEL cells to the GATA motif. By using gel mobility shift assay two protein complexes were detected. The faster migrating complex was erythroid-specific and more abundant in differentiating MEL cells. Competition experiments with GATA-1 oligonucleotides and GATA-1 protein antibodies confirmed binding of GATA-1 transcription factor to GATA motif at - 120 bp regulation of rat adult βbminy-globin gene.
Кључне речи:
transcription regulation / rat β-globin genes / GATA-1Извор:
Acta Veterinaria-Beograd, 2005, 55, 5-6, 347-356Издавач:
- Univerzitet u Beogradu - Fakultet veterinarske medicine, Beograd
DOI: 10.2298/AVB0506347P
ISSN: 0567-8315
WoS: 000234035600001
Scopus: 2-s2.0-29344451469
Институција/група
Institut za molekularnu genetiku i genetičko inženjerstvoTY - JOUR AU - Pavlović, Sonja AU - Mitrović, Tatjana AU - Karan-Đurašević, Teodora AU - Nikčević, Gordana PY - 2005 UR - https://imagine.imgge.bg.ac.rs/handle/123456789/220 AB - Cilj ovog rada je bio rasvetljavanje regulacije transkripcije adultnog βbminy-globinskog gena pacova. Da bi se okarakterisali transkripcioni faktori uključeni u ovu regulaciju, upotrebljena je metodologija koja je obuhvatila "footprint" (otisak proteina na DNK), "gel shift" (metoda usporene pokretljivosti u gelu) i "supershift" (metoda kompeticije antitelom u "gel shift"-u) eseje. U ovom radu je analiziran GATA motiv lociran na-120 bp distalnog promotora βbminy-globinskog gena. "Footprint" analiza je otkrila vezivanje nuklearnih faktora iz MEL ćelija za GATA motiv. Uz pomoć "gel shift" eseja detektovana su dva proteinska kompleksa. Kompleks koji je brže migrirao u gelu je eritroidno-specifičan i zastupljeniji je u diferencirajućim MEL ćelijama. Eksperimenti kompeticije sa GATA-1 oligonukleotidom i GATA-1 antitelima potvrdili su vezivanje GATA-1 transkripcionog faktora za GATA motiv na poziciji-120 adultnog βbminy-globinskog gena pacova. AB - The aim of this study was to elucidate the regulation of rat adult βbminy-globin gene transcription. We used DNasel foot printing, gel mobility shift and super shift assays to characterize transcription factors involved in this regulation. In this study we analyzed GATA motif at-120 bp in the distal promoter of βbminy-globin gene. Footprint analysis revealed the binding of nuclear factors from MEL cells to the GATA motif. By using gel mobility shift assay two protein complexes were detected. The faster migrating complex was erythroid-specific and more abundant in differentiating MEL cells. Competition experiments with GATA-1 oligonucleotides and GATA-1 protein antibodies confirmed binding of GATA-1 transcription factor to GATA motif at - 120 bp regulation of rat adult βbminy-globin gene. PB - Univerzitet u Beogradu - Fakultet veterinarske medicine, Beograd T2 - Acta Veterinaria-Beograd T1 - Karakterizacija transkripcionih faktora koji se vezuju za GATA motiv na poziciji-120 u promotoru βbminy-globinskog gena pacova T1 - Characterization of transcription factors binding to-120 GATA motif of rat βbminy-globin promoter EP - 356 IS - 5-6 SP - 347 VL - 55 DO - 10.2298/AVB0506347P ER -
@article{ author = "Pavlović, Sonja and Mitrović, Tatjana and Karan-Đurašević, Teodora and Nikčević, Gordana", year = "2005", abstract = "Cilj ovog rada je bio rasvetljavanje regulacije transkripcije adultnog βbminy-globinskog gena pacova. Da bi se okarakterisali transkripcioni faktori uključeni u ovu regulaciju, upotrebljena je metodologija koja je obuhvatila "footprint" (otisak proteina na DNK), "gel shift" (metoda usporene pokretljivosti u gelu) i "supershift" (metoda kompeticije antitelom u "gel shift"-u) eseje. U ovom radu je analiziran GATA motiv lociran na-120 bp distalnog promotora βbminy-globinskog gena. "Footprint" analiza je otkrila vezivanje nuklearnih faktora iz MEL ćelija za GATA motiv. Uz pomoć "gel shift" eseja detektovana su dva proteinska kompleksa. Kompleks koji je brže migrirao u gelu je eritroidno-specifičan i zastupljeniji je u diferencirajućim MEL ćelijama. Eksperimenti kompeticije sa GATA-1 oligonukleotidom i GATA-1 antitelima potvrdili su vezivanje GATA-1 transkripcionog faktora za GATA motiv na poziciji-120 adultnog βbminy-globinskog gena pacova., The aim of this study was to elucidate the regulation of rat adult βbminy-globin gene transcription. We used DNasel foot printing, gel mobility shift and super shift assays to characterize transcription factors involved in this regulation. In this study we analyzed GATA motif at-120 bp in the distal promoter of βbminy-globin gene. Footprint analysis revealed the binding of nuclear factors from MEL cells to the GATA motif. By using gel mobility shift assay two protein complexes were detected. The faster migrating complex was erythroid-specific and more abundant in differentiating MEL cells. Competition experiments with GATA-1 oligonucleotides and GATA-1 protein antibodies confirmed binding of GATA-1 transcription factor to GATA motif at - 120 bp regulation of rat adult βbminy-globin gene.", publisher = "Univerzitet u Beogradu - Fakultet veterinarske medicine, Beograd", journal = "Acta Veterinaria-Beograd", title = "Karakterizacija transkripcionih faktora koji se vezuju za GATA motiv na poziciji-120 u promotoru βbminy-globinskog gena pacova, Characterization of transcription factors binding to-120 GATA motif of rat βbminy-globin promoter", pages = "356-347", number = "5-6", volume = "55", doi = "10.2298/AVB0506347P" }
Pavlović, S., Mitrović, T., Karan-Đurašević, T.,& Nikčević, G.. (2005). Karakterizacija transkripcionih faktora koji se vezuju za GATA motiv na poziciji-120 u promotoru βbminy-globinskog gena pacova. in Acta Veterinaria-Beograd Univerzitet u Beogradu - Fakultet veterinarske medicine, Beograd., 55(5-6), 347-356. https://doi.org/10.2298/AVB0506347P
Pavlović S, Mitrović T, Karan-Đurašević T, Nikčević G. Karakterizacija transkripcionih faktora koji se vezuju za GATA motiv na poziciji-120 u promotoru βbminy-globinskog gena pacova. in Acta Veterinaria-Beograd. 2005;55(5-6):347-356. doi:10.2298/AVB0506347P .
Pavlović, Sonja, Mitrović, Tatjana, Karan-Đurašević, Teodora, Nikčević, Gordana, "Karakterizacija transkripcionih faktora koji se vezuju za GATA motiv na poziciji-120 u promotoru βbminy-globinskog gena pacova" in Acta Veterinaria-Beograd, 55, no. 5-6 (2005):347-356, https://doi.org/10.2298/AVB0506347P . .